Странная затея с ограничениями.
Сейчас в игре есть репутации у фракций на которых и будут основаны ограничения. Если насолю фракции, то она мне не будет давать контракты, что вполне логично. Вы же предлагаете убрать все разнообразие квестов, что есть, просто основываясь на предпочтительности выбранной мной фракции. Почему я не могу одновременно бить пиратов, торговать и копать? почему я не могу торговать и возить контрабанду, если делаю это умело? Те же перки можно просто к кораблям привязывать, как сделано сейчас. Вот вам и разнообразие ролей в том числе и в бою.
Я вообще, если честно против всевозможных прокачек, улучшающих какие-либо действия. У нас есть корабль, которым мы управляем напрямую, так пускай совершенствуется игрок, а не персонаж, как в какой-нибудь ммо рпг.